W skład podmiotu leczniczego: Szpital Miejski św. Jana Pawła II w Elblągu wchodzą zakłady lecznicze podmiotu leczniczego:
1) Szpital Miejski, w którego skład wchodzą jednostki organizacyjne:
a) Szpital Miejski,
b) Medyczne Laboratorium Diagnostyczne,
c) Zakład Diagnostyki Obrazowej,
2) Przychodnia Szpitala Miejskiego, w której skład wchodzi jednostka organizacyjna:
a) Przychodnia Szpitala Miejskiego,
3) Zakład Opiekuńczo- Leczniczy, w którego skład wchodzi jednostka organizacyjna:
a) Zakład Opiekuńczo - Leczniczy.
4) Zakład Lecznictwa Psychiatrycznego Stacjonarnego, w którego skład wchodzi jednostka organizacyjna:
a) Centrum Zdrowia Psychicznego – część szpitalna,
5) Zakład Lecznictwa Psychiatrycznego Ambulatoryjnego, w którego skład wchodzi jednostka organizacyjna:
a) Centrum Zdrowia Psychicznego – część ambulatorium.
2. Komórki organizacyjne jednostki organizacyjnej Szpital Miejski:
1) oddziały szpitala:
a) anestezjologii i intensywnej terapii,
b) chorób wewnętrznych,
c) rehabilitacji kardiologicznej,
d) rehabilitacyjny z pododdziałem rehabilitacji neurologicznej,
e) chirurgii ogólnej i onkologicznej z pododdziałem chirurgii ręki,
f) okulistyczny,
g) otolaryngologiczny,
h) detoksykacji,
i) -skreślony-,
j) chirurgii dziecięcej,
k) chorób zakaźnych z pododdziałem hepatologicznym,
l) chirurgii urazowo – ortopedycznej,
m) chorób płuc,
2) blok operacyjny,
3) centralna sterylizatornia,
4) apteka szpitalna,
5) izba przyjęć,
6) -skreślony-
3. Komórki organizacyjne jednostki organizacyjnej Medyczne Laboratorium Diagnostyczne:
1) pracownia diagnostyki laboratoryjnej,
2) punkt pobrań materiałów do badań,
3) pracownia immunologii transfuzjologicznej z bankiem krwi,
4) pracownia diagnostyki mikrobiologicznej.
4. Komórki organizacyjne jednostki organizacyjnej Zakład Diagnostyki Obrazowej:
1) pracownia USG,
2) pracownia rentgenodiagnostyki ogólnej,
3) pracownia tomografii komputerowej,
4) pracownia mammograficzna,
5) pracownia densytometryczna,
6) pracownia elektrofizjologii.
5. Komórki organizacyjne jednostki organizacyjnej Zakład Opiekuńczo - Leczniczy:
1) zakład opiekuńczo – leczniczy.
6. Komórki organizacyjne jednostki organizacyjnej Przychodnia Szpitala Miejskiego:
1) zakład rehabilitacji 1,
a) ośrodek rehabilitacji dziennej,
b) dział fizjoterapii,
2) zakład rehabilitacji 2,
a) ośrodek rehabilitacji dziennej,
b) dział fizjoterapii,
c) poradnia rehabilitacyjna,
d) poradnia rehabilitacyjna dla dzieci i młodzieży,
e) zespół rehabilitacji domowej,
3) oddział dzienny zaburzeń nerwicowych,
4) pracownia diagnostyki kardiologicznej,
5) pracownia echokardiografii,
6) pracownia endoskopii,
7) poradnie specjalistyczne:
a) kardiologiczna,
b) dermatologiczna,
c) neurologiczna,
d) gruźlicy i chorób płuc,
e) położniczo – ginekologiczna,
f) chirurgii ogólnej,
g) chirurgii onkologicznej,
h) chirurgii urazowo- ortopedycznej,
i) okulistyczna,
j) otolaryngologiczna,
k) logopedyczna,
l) kardiologiczna dla dzieci,
m) psychologiczna,
n) leczenia nerwic,
o) medycyny pracy,
p) medycyny sportowej,
q) chorób zakaźnych,
r) endokrynologiczna dla dzieci,
s) osteoporozy,
t) chirurgii naczyniowej,
8) inne komórki organizacyjne działalności medycznej, w tym:
a) gabinety diagnostyczno- zabiegowe,
b) punkt szczepień,
9) nocna i świąteczna opieka zdrowotna.