1 W skład podmiotu leczniczego: Szpital Miejski św. Jana Pawła II w Elblągu wchodzą zakłady lecznicze podmiotu leczniczego:

1. Szpital Miejski, w którego skład wchodzi jednostka organizacyjna: Szpital Miejski
2. Przychodnia Szpitala Miejskiego, w której skład wchodzą jednostki organizacyjne:
   1. Przychodnia Szpitala Miejskiego,
   2. Medyczne Laboratorium Diagnostyczne,
3. Zakład Opiekuńczo-Leczniczy, w którego skład wchodzi jednostka organizacyjna: zakład opiekuńczo- leczniczy.

2. Komórki organizacyjne jednostki organizacyjnej Szpital Miejski:

1) oddziały szpitala: 

1. anestezjologii i intensywnej terapii, 
2. chorób wewnętrznych, 
3. rehabilitacji kardiologicznej, 
4. rehabilitacyjny z pododdziałem rehabilitacji neurologicznej, 
5. chirurgii ogólnej i onkologicznej, 
6. okulistyczny, 
7. otolaryngologiczny, 
8. psychiatryczny, 
9. detoksykacji,
10. pediatryczny z pododdziałem endokrynologicznym,
11. chirurgii dziecięcej,
12. położniczo – ginekologiczny z pododdziałem neonatologicznym,
13. chorób zakaźnych z pododdziałem hepatologicznym,
14. chirurgii urazowo- ortopedycznej z pododdziałem chirurgii ręki,
15. chorób płuc,

2. blok operacyjny,
3. centralna sterylizatornia,
4. apteka szpitalna,
5. izba przyjęć.

3. Komórki organizacyjne jednostki organizacyjnej Medyczne Laboratorium Diagnostyczne:

1. pracownia diagnostyki laboratoryjnej, 
2. punkt pobrań materiałów do badań, 
3. pracownia immunologii transfuzjologicznej z  bankiem krwi,
4. pracownia diagnostyki mikrobiologicznej.

4. Komórki organizacyjne jednostki organizacyjnej Zakład Opiekuńczo-Leczniczy: zakład opiekuńczo- leczniczy.

5. Komórki organizacyjne jednostki organizacyjnej Przychodnia Szpitala Miejskiego:
   1. ośrodek rehabilitacji dziennej,
   2. oddział dzienny zaburzeń nerwicowych,
   3. oddział dzienny psychiatryczny,
   4. zespół leczenia środowiskowego,
   5. zakład diagnostyki obrazowej:
      1. pracownia USG, 
      2. pracownia rentgenodiagnostyki ogólnej,
      3. pracownia tomografii komputerowej,
      4. pracownia mammograficzna,

6. pracownia diagnostyki kardiologicznej,
7. pracownia echokardiografii,
8. pracownia endoskopii,
9. (skreślony),
10. pracownia densytometryczna,
11. (skreślony),
12. pracownia EEG,
13. (skreślony),
14. zakład rehabilitacji, w tym: 

1. pracownia fizykoterapii, 
2. pracownia kinezyterapii, 
3. pracownia hydroterapii, 
4. pracownia masażu leczniczego; 

15.  poradnie specjalistyczne: 

1. kardiologiczna, 
2. dermatologiczna, 
3. neurologiczna, 
4. pulmonologiczna, 
5. położniczo - ginekologiczna,
6. chirurgii ogólnej, 
7. chirurgii onkologicznej,
8. chirurgii urazowo- ortopedycznej, 
9. okulistyczna, 
10. otolaryngologiczna, 
11. logopedyczna, 
12. zdrowia psychicznego, 
13. psychologiczna, 
14. leczenia nerwic,
15. medycyny pracy, 
16. medycyny sportowej,
17. chorób zakaźnych,
18. neonatologiczna,
19. (skreślony),

16. inne komórki organizacyjne działalności medycznej, w tym:

1. gabinety diagnostyczno- zabiegowe,
2. gabinet promocji zdrowia,

17. nocna i świąteczna opieka zdrowotna.

6. Komórki organizacyjne pozostające w strukturze ogólnej Szpitala Miejskiego św. Jana Pawła II
   w Elblągu: 

1. dyrekcja z podległymi pionami administracyjnymi; 
2. inne komórki organizacyjne działające pomocniczo na rzecz statutowej działalności Szpitala:
3. apteka ogólnodostępna.

7. Szczegółową strukturę organizacyjną szpitala określa dyrektor w  regulaminie organizacyjnym szpitala.