1. W skład podmiotu leczniczego: Szpital Miejski św. Jana Pawła II w Elblągu wchodzą przedsiębiorstwa podmiotu leczniczego :

1. Szpital Miejski, w którego skład wchodzą jednostki organizacyjne:

   1. Szpital Miejski,

2. Przychodnia Szpitala Miejskiego, w której skład wchodzi jednostka organizacyjna:

   1. Przychodnia Szpitala Miejskiego,

   2. Medyczne Laboratorium Diagnostyczne.

2. Komórki organizacyjne jednostki organizacyjnej Szpital Miejski:

1) oddziały szpitala: 

1. anestezjologii i intensywnej terapii, 

2. chorób wewnętrznych, 

3. rehabilitacji kardiologicznej, 

4. rehabilitacyjny z pododdziałem rehabilitacji neurologicznej, 

5. chirurgii ogólnej i onkologicznej, 

6.      okulistyczny, 

7. otolaryngologiczny, 

8. psychiatryczny, 

9. detoksykacji,

10. pediatryczny z pododdziałem endokrynologicznym,

11. chirurgii dziecięcej,

12. położniczo – ginekologiczny z pododdziałem neonatologicznym,

13. chorób zakaźnych z pododdziałem hepatologicznym,

14. chirurgii urazowo – ortopedycznej z pododdziałem chirurgii ręki,

15. chorób płuc,

2) blok operacyjny; 

3) centralna sterylizatornia; 

4) apteka szpitalna; 

5) izba przyjęć; 

3. Komórki organizacyjne jednostki organizacyjnej Medyczne Laboratorium Diagnostyczne:

1. pracownia diagnostyki laboratoryjnej, 

2. punkt pobrań materiałów do badań, 

3. pracownia immunologii transfuzjologicznej z bankiem krwi,

4. pracownia diagnostyki mikrobiologicznej. 

4. Komórki organizacyjne jednostki organizacyjnej Zakład Opiekuńczo - Leczniczy:

1. zakład opiekuńczo – leczniczy.

5. Komórki organizacyjne jednostki organizacyjnej Przychodnia Szpitala Miejskiego: 

1. ośrodek rehabilitacji dziennej; 

2. oddział dzienny zaburzeń nerwicowych; 

3. oddział dzienny psychiatryczny;

4. zespół leczenia środowiskowego;

5. zakład diagnostyki obrazowej: 

1. pracownia USG, 

2. pracownia rentgenodiagnostyki ogólnej, 

3. pracownia tomografii komputerowej; 

4. pracownia mammograficzna;

6. pracownia diagnostyki kardiologicznej; 

7. pracownia echokardiografii; 

8. pracownia endoskopii; 

9. pracownia endoskopii dla dzieci;

10. pracownia densytometryczna;

11. pracownia spirometryczna;

12. pracownia EEG;

13. szkoła rodzenia;

14. zakład rehabilitacji, w tym: 

1. pracownia fizykoterapii, 

2. pracownia kinezyterapii, 

3. pracownia hydroterapii, 

4. pracownia masażu leczniczego; 

15. poradnie specjalistyczne: 

1. kardiologiczna, 

2. dermatologiczna, 

3. neurologiczna, 

4. pulmonologiczna, 

5. położniczo - ginekologiczna, 

6. chirurgii ogólnej, 

7. chirurgii onkologicznej,

8. chirurgii urazowo- ortopedycznej, 

9. okulistyczna, 

10. otolaryngologiczna, 

11. logopedyczna, 

12. zdrowia psychicznego, 

13. psychologiczna, 

14. leczenia nerwic,

15. medycyny pracy,

16. medycyny sportowej,

17. chorób zakaźnych,

18. neonatologiczna,

19. ryzyka okołoporodowego,

16. inne komórki organizacyjne działalności medycznej, w tym:

1. gabinety diagnostyczno- zabiegowe.